またですか、というようなインシデントですね。
6日には軽食用カートをトイレにしまっていたりとJAL最近たるみ気味ですよ。
だいたい今回と同じような事故は2005年におきており、国土交通省から事業改善命令を受けていて二度とこのような事故はおきないはずだった、のですがおきてしまったわけです。
この流れからいくともしかしたら滑走路上で飛行機衝突も起こりうるかもしれません。

交信内容も思っていたとおりでした。
実際の交信は事故調査委員会の報告を待つとしてYOMIURI ONLINEさんの記事を参考にまとめてみると、
管制官が「Japan Air 502, line up and wait RWY01R. Inbound traffic now on runway.（日本航空502便、滑走路01Rに進入し待機しなさい。着陸機が滑走路上にいます。）」「 Inbound traffic 5NM on final. （着陸機が最終進入経路上5NMのところにいます。）」という指示を出した際、乗員は「Roger.（了解。）」とのみ応答。その後502便は離陸を開始した。管制官はASDE（空港面探知レ－ダー）で502便が離陸滑走していることに気が付き、「Japan Air 502, stop immediately.」を指示。その後502便はRTO（離陸中止）を行い前方の着陸機に追突することなく停止した。
という感じでしょうか。あくまで想像ですので本当のことは事故調査委員会の発表を待ちましょう。
実際のところはわかりませんが、確か hold short of runway や line up and wait 、cleared for take off はそのまま復唱しなければいけなかったはず。その重要性が今回のインシデントに表れていると思います。
視界が悪かったというのも事故の一因であるとは思いますが、滑走路のコンディションによってはうまく止まれず追突していた可能性もあります。復唱を徹底する、乗員同士での確認など再発防止に努め、そして本当に再発しないようにしてもらいたいものです。

　１６日午前１０時３３分ごろ、北海道・新千歳空港のＢ滑走路（３０００メートル）で、羽田行き日本航空５０２便（ボーイング７４７―４００型機、乗員乗客４４６人）が管制官の許可を得ずに離陸の滑走を始めた。

　同じ滑走路上には、着陸したばかりの別の旅客機がいたため、管制官が離陸中止を指示し、５０２便は緊急停止した。両旅客機の距離は約１８００メートルだった。けが人はなかったが、国土交通省航空・鉄道事故調査委員会は事故につながりかねない重大インシデントだったとして、調査官３人を現地に派遣し、調査を始めた。

　新千歳空港の管制業務を担当する自衛隊や日航などによると、１６日の同空港は大雪に見舞われ、５０２便は機体の除雪作業のため出発が定刻から約５０分遅れていた。当時のＢ滑走路は視界が約５００メートルで、ほとんど前が見えない状態だった。管制官は午前１０時２９分ごろ、５０２便に無線で「ただちに離陸できるよう準備せよ。着陸機が滑走路を走行中」と指示。その後、地上監視レーダーで５０２便が離陸を始めたことを知り、急いで離陸中止を指示した。同型機の離陸に
要する時間は２０～２５秒程度とされる。

　日航によると、５０２便は管制官から離陸中止の指示を受けた時点で、滑走路をすでに約５００メートル進んでいた。ブレーキをかけた時の速度は時速１１０キロだった。同便の機長（５８）と副操縦士（３２）は「（管制官から）離陸許可が出たと勘違いした」と話しているという。

　一方、同じ滑走路上にいた関西空港発日航２５０３便（ＭＤ―９０型機、乗員乗客１２６人）は、トラブルが発生する５分前に着陸したばかりで誘導路に向かう途中だった。新千歳空港では、２００５年１月にも日航機が無断で離陸しようとして別の旅客機とあわや追突のトラブルを起こすなどしたため、日航は同省から事業改善命令を受けている。
（2008年2月17日01時42分 読売新聞）