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航空機を失念していたみたいですね。

あくまで記事からの推測ですが、タッチアンドゴーをする小型機からダウンウィンドのレポートがあって、タッチアンドゴーの許可を発出、その後オリエンタルブリッジ機から出発準備完了の連絡があったので離陸許可、という感じでしょうか。

管制方式基準によると、

着陸許可（ローアプローチの許可及びタッチアンドゴーの許可を含む）を発出した後は、同一滑走路を使用する他の航空機に対し、当該到着機の前方においては、離陸、滑走路上における待機及び走行、並びに滑走路の横断を許可してはならない。

管制方式基準（III）3（8）c より

となっています。

こういうのはいかがなものかとは思いますが、小型機がターニングベースしているころであれば、なんの問題もなく離陸して、小型機も普通にタッチアンドゴーできたでしょう。
もちろん管制違反であることに変わりはありませんが。

管制官だって人間です。ほかの航空機に気を取られていたようですし、ただ単純に忘れてしまったわけではないはずです。

しっかりと調査して、できればどのような状況になると航空機の失念を起こしやすいかなどもわかれば、今回のようなミスも防止できるようになるでしょう。

　２５日午前１０時１２分ごろ、長崎空港で、小型機と旅客機が衝突しそうになるトラブルがあった。国土交通省によると、管制官が連続離着陸訓練許可を出した小型機が滑走路を使用するのを２分間で忘れ、旅客機に離陸許可を出したことが原因という。運輸安全委員会は事故につながる重大インシデントにあたるとして、航空事故調査官２人を現地に派遣した。
　２機はエアフライトジャパンの訓練用小型機と、長崎発福江行きオリエンタルエアブリッジ３１１便（乗員３人・乗客２９人）。
　国交省によると、当時空港上空では別の小型機が写真撮影をしており、３１１便は滑走路脇で待機していたという。管制官は待機の間に、エ社の小型機に連続離着陸訓練をさせようと許可したが、訓練が終わる前に待機が解除されると、わずか２分後に旅客機に離陸許可を出したという。
　管制官は「（上空で写真撮影していた）別の航空機に気を取られ、小型機への許可を完全に忘れてしまった」と説明したという。

「管制ミスあわや航空機同士衝突　長崎空港」MSN産経ニュースより